《内外伤辨惑论》是李东垣的第一部著作，对其内伤病辨治思想进行了初步的阐释和发挥。李东垣“自幼受《难》、《素》于易水张先生，讲诵既久，稍有所得”，系统学习了张元素的学术思想，继承并拓展了张氏的医学经验与学术理论；下启其得意弟子罗天益，他的学术思想，在罗天益的《卫生宝鉴》中也多有完善和发挥。除《内外伤辨惑论》这本书以外，李东垣的学术思想还体现在《脾胃论》、《兰室秘藏》等，对于系统学习他的学术思想大有帮助。
从序中可知，《内外伤辨惑论》成书于李东垣的中年之后，对疾病的诊断及用药已多有心得，“诸所诊治，坦然不惑”，曾撰此篇“以证世人用药之误”，增进了后人对外感病与内伤病的理解和诊断。
这本书分为上、中、下三卷。
一、关于上卷的点滴思悟
上卷十三篇辨外感与内伤之惑，包括辨阴证阳证、脉、寒热、外感八风之邪、手心手背、口鼻、气少气盛、头痛、筋骨四肢、外伤不恶食、渴与不渴、劳役受病表虚不作表实治之及辨证与中热颇相似。
《素问·调经论》里提到，“夫邪之胜，或生于阴，或生于阳。其生于阳者，得之风雨寒暑；其生于阴者，得之饮食居处”，《灵枢·百病始生》中也提到，“夫百病之始生也，皆生于风雨寒暑，清湿喜怒”。因此，人之百病不离于外感六淫、内伤七情、饮食不节、劳役过度等。如果人体外感邪气于肌表，气血涌向肌表奋力抗邪，伤于外者为阳，故为阳证；反之，为阴证。是为阴阳证。
东垣对于阴证与阳证的治疗，有自己独特的见解。“邪气盛则实”，外感表邪的阳证，人体正气未虚，故“当泻不当补”；“精气夺则虚”，如果脾胃有伤，中气不足，水谷精微不能运化，心肺之气得不到滋养，如果此时应用泻法，“使荣卫之气外绝，其死也在旬日之间”。因此，东垣举例京师受困之时，物资供应不及，百姓食不果腹，精神也极度紧张恐惧，脾胃之气得不到充分滋养，解围之后恣意饮食，脾胃来不及运化，阴病诸证蜂起，表现为发热、恶寒等症，时医仍沿用外感病思维，妄用巴豆、承气之类下其实证，误治使病情加重，多有死者，遂创制补中益气汤等方剂。
关于辨脉，东垣在书中提及“古人以脉上辨内外伤于人迎、气口......外感风寒......病必见于左手......”，由此可知，东垣学术思想曾参考古人人迎气口脉法。该脉法最早见于王叔和《脉经》，在《素问·六节藏象论》中也有提及该脉法的应用，“故人迎一盛病在少阳，二盛病在太阳，三盛病在阳明......寸口一盛病在厥阴，二盛病在少阴，三盛病在太阴。”王叔和距离仲景生活的年代仅七十余年，受仲景学术思想颇深。王伟《仲景理法》一书详细介绍了应用人迎气口脉法对《伤寒论》的理解及应用，故可知这套脉法是可以应用于临床的。因此，东垣应熟练掌握了这套脉法以及《伤寒论》辨治外感病的学术体系，并用它来从脉象伤区别外感病与内伤病。而对于内伤诸病的诊治，东垣在此基础上补充了此脉法诊断内伤病的不足，有自己完整的心得体会，广泛应用于临床，并取得诸多疗效。
东垣在书中参考了《难经》与《素问·平人气象论》对脉法的理解，认为脉行五十度周于身，“而荣卫行于阳二十五度，行于阴者亦二十五度”。而“左手主表”“右手主里”，因此如果是外感病，病邪从外来，则左手脉大于右手脉，即人迎大于气口；反之，如果是饮食劳役等因素致病，病邪从内来，则右手脉大于左手脉，即气口大于人迎。
在外感病中，以太阳病中寒与中风举例说明。例如，当寒邪从外来时，人体表层受到寒邪收引，故脉象表层表现出紧象，人体正气未虚，而不能温煦肌表，气血奋力抗邪，故“洪大有力”，按照《难经》及《素问·玉机真脏论》对脉象的理解，对应的是心火之脉的脉象。
而对于内伤杂病，东垣除了认识到气口大于人迎之外，还充分吸收了《难经》“一脉十变”的思想，例如饮食等因素致脾胃虚时，阴火上乘，表现的是心火的脉象，五行中火克金，故在肺脉的部位见心火之象，表现为“气口脉急大而涩数，时一代而涩也”。
而对于寒热的区别，也十分明显。在人体中，脾胃运化的水谷精微传输至心肺，滋养心肺，化为荣卫二气，卫气护卫肌表不受外邪侵袭，这是正常的生理状态。在外感病中，寒邪侵袭卫分，所以阳气不能正常布散，郁而发热，并且“面赤”。肺开窍于鼻，卫气不利，所以“鼻气壅塞不通”。寒邪在表不散，其热的状态也不能正常温养肌体，所以“虽重衣下幕，逼近烈火，终不能御其寒”，寒热并作，没有间断，直到病邪入里，症状才发生变化。
而内伤病多有不同，虽然也有发热恶寒，头身痛等如外感病太阳病的症状，但内伤病由于脾胃内伤，阴火上乘之发热，是气下陷的郁热。脾胃之气不能正常上输心肺，荣卫二气化生不足，故不能护卫肌表，出现怕冷的情况，是可以间断的；荣气不能滋养脏腑而而出现的“不荣则痛”，郁外感病“不通则痛”不同，并且恶寒这种情况常见于身处于阳气不足的地方而怕冷，并不如外感病得火不能温，“但避风寒及温暖处，或添衣盖，温养其皮肤”，就可以好转。
辨外感八风之邪篇更是详细说明了以上理论，详细区别了外感病与内伤病的不同。
十二条经脉运行荣卫二气、血、津液流行全身，如环无端，全身都受到滋养。手三阳经行于上肢外侧，手三阴经行于上肢内侧，所以阳病时，邪气在表，手背热甚于手心；阴病时，邪气在里，手心热甚于手背。
肺开窍于鼻，东垣在书中也引用《内经》的言论“鼻者肺之候，肺气通于天”，邪从外来，肺气失宣，所以多为表证，例如声音重浊，伤于寒者鼻塞不通，伤于风者鼻流清涕等。邪气在表，但正气不虚，所以口中和，饮食正常。对应第七篇，则外感病“气盛”。东垣认为，“肾主骨，为寒，肝主筋，为风”，又寒主收引，所以风寒侵袭，肌肉筋骨疼痛。
“口者，坤土也，脾气通于口”，所以内伤病病邪在里，正气已虚，不能濡养周身，所以有乏力、精神不济等表现，不能正常运化，所以食欲减退、腹胀不消化。脾虚生湿，故“口沃沫多唾”。脾气虚，心肺之气化生不足，无力固护，同时也有表虚的症状，时受风寒侵袭，所以“鼻中清涕若有若无”。故内伤病“气少”。又阴火上乘，气虚症状加重，脾主四肢，所以四肢怠惰嗜卧。
人身一体，症状百出，而病机相同。
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